O Hospital Agenor Paiva possui uma ampla estrutura para melhor atender seus pacientes. Dentro desta estrutura, o modo de atendimento subdivide-se em três áreas:

Além de possuir também um Centro Cirúrgico, um Centro de Diagnóstico por Imagem, duas Unidades de Terapia Intensiva e uma Unidade de Terapia Semi-Intensiva bem equipadas.